2009年，莫拉克颱風重創南、東臺灣，許多同胞在這場災害中失去家人和家園。災後，政府與社會各界攜手踏上重建之路。風災五週年，行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會於本館設置【莫拉克風災重建展示館】，將風災歷史及救災重建經驗完整紀錄。

2019年，莫拉克風災屆滿十週年，由行政院指導、教育部及本館更新此展示廳為【希望‧未來 莫拉克風災紀念館】，強調風災後十年的前瞻與精進，系統性展現近年各界防救災的新觀念及成果，藉以提升國人災害風險意識，促進安全韌性的防災文化。